污水排放许可审批权下放
此次环保部确定了13大职责。其中对于之前很受关注的规划环评，此次也明确规定，环保部受国务院委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价，按国家规定审批重大开发建设区域、项目环境影响评价文件。
环保部职责调整方面，水污染物排放许可证的审批和发放职责，将交给地方环境保护行政主管部门。
按照“三定方案”，环保部设14个内设机构，增加了3个司局，分别为污染物排放总量控制司、环境监测司、宣传教育司。
环境保护部的机关行政编制则为311名。其中，部长1名、副部长4名，司局级领导职数48名。
水环境信息由环保部发布
同时，对于一直是热点的与其他部门职能交叉的问题。此次的“三定方案”中对“治水”方面的职责分工作出明确规定，环保部对水环境质量和水污染防治负责，水利部对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立部际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。
此外，水环境信息此次明确由环境保护部发布，并对信息的准确性、及时性负责。水利部发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与环境保护部协商一致。
此前在2005年，就淮河水污染防治的问题，原环保总局和水利部之间曾产生过争议，争议的焦点则为谁有权发布淮河流域限制排污总量意见。
